Il substrato del terrario è uno degli elementi maggiormente importanti in quanto consiste nella base del contenitore sul quale il rettile trascorrerà la maggior parte del proprio tempo. Per ottenere un perfetto substrato occorrerà verificare in primo luogo che il materiale non sia tossico o abrasivo o pericoloso in generale per la salute del rettile. Senza dimenticare poi che il substrato andrà pulito spesso per cui occorre altresì che si tratta di un materiale di facile pulizia ed igienico.
Occorre fare attenzione nella scelta del substrato in quanto orientarsi verso materiali non idonei o puramente estetici potrebbe causare problemi al rettile come ad esempio ostruzioni intestinali o ferite nel caso di substrato abrasivo.
La scelta del substrato è vastissima: analizziamo le tipologie maggiormente utilizzate. La carta di giornale è la più pratica ed economica, gli asciugamani sono altrettanto igienici ed economici ma alcune specie potrebbero ingerirne delle piccole quantità. Il pallet nel caso di roditori o rettili erbivori è perfetto in quanto può anche essere ingerito, ma mai in grosse quantità: lo stesso dicasi per la segatura, economica e pratica, permette anche di mantenere sotto controllo la crescita batterica.