Nell’acquario è estremamente importante un buon filtraggio al fine di mantenere l’acqua con valori chimici adatti alla vita dei suoi ospiti. Vi sono quattro tipi di filtraggio: chimico, meccanico, biologico e sterilizzazione. Il filtraggio meccanico consiste nel rimuovere il materiale dannoso dall’acqua, eliminando i detriti visibili e garantendo una funzione estetica: si ottiene con il passaggio dell’acqua in una spugna o serie di spugne. Si possono poi rimuovere le spugne per lavarle: in tal modo di eliminano i detriti in sospensione.
Il filtraggio biologico è il più importante, soprattutto per i pesci, e sfrutta i processi naturali in cui degli organismi viventi rimuovono o trasformano delle sostanze, di per se tossiche o potenziamente tali, in composti meno tossici: vi sono superfici di contatto molte estese colonizzate da batteri, che trasformano i prodotti dell’azoto in sostanze non dannose per gli ospiti dell’acquario. Il filtraggio biologico è utile anche con vasche con molte piante vive, che esercitano tale filtraggio.
Il filtraggio con sterilizzazione è normalmente utilizzata in acquari marini, anche se può essere utile in acquari di acqua dolce: consiste nel condurre acqua attraverso una unità pressurizzata con una lampada a ultravioletti. Tale luce UV risce a distruggere alcune alghe o patogeni, con grandi benefici per i pesci e le piante: tuttavia può capitare che tali raggi distruggano anche elementi utili.